Kun dataekosysteemi on otettu käyttöön ja uusi toimintamalli on jalkautettu osaksi arjen toimintaa, siirrytään vaiheeseen, jossa dataekosysteemi on aktiivisesti toiminnassa. Tässä vaiheessa keskiöön nousevat toiminnan seuranta, jatkuva hallinta ja säännöllinen vuoropuhelu ekosysteemin osapuolten välillä. Toimiva dataekosysteemi ei ole staattinen rakenne, vaan jatkuvasti elävä kokonaisuus, joka kehittyy toimintaympäristön, tarpeiden ja kokemusten mukana.
Toimiva dataekosysteemi luo vahvan pohjan jatkokehitykselle ja uusien innovaatioiden syntymiselle. Kun osapuolilla on käytännön kokemusta toimivasta yhteistyöstä, datan jakamisesta ja yhteisten tavoitteiden saavuttamisesta, kynnys uusiin kokeiluihin madaltuu. Olemassa oleva ekosysteemi mahdollistaa uusien käyttötapausten tunnistamisen, datan laajentamisen uusiin lähteisiin ja jopa uusien toimijoiden mukaan ottamisen.
Kokonaisuutena dataekosysteemi toiminnassa vaihe edustaa kypsää kehitysvaihetta, jossa painopiste siirtyy rakentamisesta ylläpitoon ja jatkuvaan parantamiseen. Parhaimmillaan dataekosysteemi toimii alustana pitkäjänteiselle arvonluonnille, oppimiselle ja innovoinnille, joka hyödyttää sekä yksittäisiä toimijoita että laajempaa verkostoa.
Säännöllinen keskustelu ekosysteemin toimijoiden kesken on keskeinen osa toiminnan ylläpitoa. Keskustelujen avulla voidaan jakaa havaintoja, käsitellä esiin nousseita haasteita ja tehdä tarvittavia tarkennuksia toimintamalleihin. Vuoropuhelu tukee myös luottamuksen säilymistä, mikä on erityisen tärkeää monitoimijaympäristöissä, joissa osapuolilla on erilaisia intressejä ja lähtökohtia. Avoin keskustelukulttuuri mahdollistaa sen, että ongelmiin puututaan varhaisessa vaiheessa ennen kuin ne heikentävät yhteistyötä.